Обоснование вывода:
В соответствии со пп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ объектом обложения НДС признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории РФ.

Для определения места реализации работ (услуг) для целей исчисления НДС следует воспользоваться нормами ст. 148 НК РФ.

В соответствии с пп. 4.1 п. 1 ст. 148 НК РФ, если услуги по перевозке грузов оказываются российской организацией, пункт отправления и (или) пункт назначения находятся на территории РФ, а перевозимые товары не помещены под таможенную процедуру таможенного транзита, местом реализации услуг по перевозке признается территория РФ.

В рассматриваемой ситуации перевозку осуществляет российская организация, и пункт отправления находится на территории РФ. При таких обстоятельствах, учитывая также, что услуги не связаны с перевозкой товаров, помещенных под таможенную процедуру таможенного транзита, до места их убытия с территории РФ местом реализации услуг должна признаваться территория РФ.

Следовательно, услуги по перевозке в рассматриваемом случае признаются объектом обложения НДС.
Согласно пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ при реализации услуг по международной перевозке товаров обложение НДС производится по налоговой ставке 0%.

При этом в целях ст. 164 НК РФ под международными перевозками товаров понимаются перевозки товаров в том числе автотранспортными средствами, при которых пункт отправления или пункт назначения товаров расположен за пределами территории РФ.

По мнению специалистов Минфина России (письмо от 01.02.2011 N 03-07-08/31), под пунктами отправления и назначения товаров применительно к пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ следует понимать пункты, между которыми фактически осуществляются услуги по перевозке, предусмотренные договором, заключенным налогоплательщиком, оказывающим данные услуги.

Как следует из вопроса, в рассматриваемой ситуации российская организация оказывает услуги по перевозке грузов на основании договора перевозки, предусматривающего их доставку от пункта, находящегося на территории РФ, до пункта, расположенного на территории Украины.

При таких обстоятельствах полагаем, что в отношении указанных услуг применяется нулевая ставка НДС.
При этом обратим внимание, что для подтверждения обоснованности применения нулевой налоговой ставки по НДС в отношении услуг, указанных в пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ, налогоплательщики представляют в налоговые органы документы, предусмотренные п. 3.1 ст. 165 НК РФ (смотрите в связи с этим письма Минфина России от 01.02.2013 N 03-07-08/2149, от 23.03.2012 N 03-07-08/80, от 21.11.2011 N 03-07-08/324, УФНС России по г. Москве от 27.02.2012 N 16-15/16656).

Сказанное не относится к ситуации, в которой организация заключает договор, предусматривающий перевозку товаров между населенными пунктами, расположенными на территории РФ либо между пунктами, находящимися на территории Украины, как отдельную услугу по перевозке. В этом случае услуга по перевозке товаров по территории Украины НДС не облагается, так как местом реализации этой услуги территория РФ не признается, а перевозка товаров в пределах России облагается НДС по ставке 18% (пп. 5 п. 1.1 ст. 148, п. 3 ст. 164 НК РФ, смотрите также письма Минфина России от 26.02.2013 N 03-07-08/5469, от 20.07.2012 N 03-07-08/199).

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Королева Елена