По данному вопросу мы придерживаемся следующей позиции:
У организации в рассматриваемой ситуации не возникает обязанности по ведению книги продаж и по регистрации в ней фактически выставленного белорусскому контрагенту счета-фактуры.

Обоснование позиции:
Из п.п. 1, 3 ст. 168, п. 3 ст. 169 НК РФ следует, что в общем случае обязанность по составлению и выставлению счетов-фактур, а также по ведению книги продаж возлагается на плательщиков НДС. Каких-либо исключений для организаций, самостоятельно реализующих товары в страны таможенного союза, не установлено.

В соответствии с п. 2 ст. 346.11 НК РФ организации, применяющие УСН, не признаются плательщиками НДС, за исключением НДС, подлежащего уплате в соответствии с НК РФ при ввозе товаров на территорию РФ и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, а также НДС, уплачиваемого в соответствии со ст. 174.1 НК РФ.

Таким образом, организация, применяющая УСН и реализующая товары в Беларусь, не признается плательщиком НДС*(1), что указывает на отсутствие у нее обязанности по составлению и выставлению счетов-фактур (смотрите, например, письмо Минфина России от 22.07.2010 N 03-07-13/1/04), а также по ведению книги продаж (дополнительно смотрите, например, письма УФНС России по г. Москве от 05.04.2010 N 16-15/035198, от 06.03.2007 N 19-11/20446@).

В то же время, нормы законодательства о налогах и сборах не содержат прямого запрета на составление и выставление организациями, применяющими УСН, счетов-фактур при реализации товаров.

Пункт 5 ст. 173 НК РФ устанавливает, что в случае выставления покупателю счета-фактуры с выделением суммы НДС лицами, не являющимися плательщиками НДС, у них возникает обязанность по исчислению и уплате в бюджет выделенной в указанном счете-фактуре суммы налога. Однако возникновение в данном случае обязанности по перечислению в бюджет налога не означает, что выставившее счет-фактуру лицо приобретает в отношении таких операций статус налогоплательщика (п. 5 постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33).

Следовательно, если исходить из буквального толкования норм главы 21 НК РФ, то даже в случае выставления покупателю счета-фактуры с выделенной суммой НДС организацией, применяющей УСН, по нашему мнению, у нее не возникнет обязанности по ведению книги продаж.

Наряду с этим следует учитывать, что п.п. 1, 3 Правил ведения книги продаж, применяемой при расчетах по НДС, утвержденной во исполнение п. 8 ст. 169 НК РФ постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137 (далее — Правила), предписывает продавцам регистрировать в книге продаж составленные и (или) выставленные счета-фактуры во всех случаях, когда возникает обязанность по исчислению НДС в соответствии с НК РФ. Напоминаем, что такая обязанность возникает и в случае выставления покупателю счета-фактуры с выделением суммы НДС лицами, не являющимися плательщиками НДС (пп. 1 п. 5 ст. 173 НК РФ).

В связи с этим существует позиция, согласно которой организациям, находящимся на специальных налоговых режимах, надо завести книгу продаж и зарегистрировать в ней фактически выставленные счета-фактуры (смотрите, например, материал: Регистрация счетов-фактур: девять особых ситуаций (Н. Матвеева, «Новая бухгалтерия», выпуск 4, апрель 2014 г.)).

В то же время, на наш взгляд, при выставлении покупателю счета-фактуры с нулевой налоговой ставкой говорить о выделении в нем НДС, который также будет равен нулю, в понимании п. 5 ст. 173 НК РФ, нельзя, что свидетельствует о нераспространении приведенных требований Правил на организацию в рассматриваемой ситуации.

Кроме того, Правила не могут изменять законодательство о налогах и сборах (п. 1 ст. 4 НК РФ).
Таким образом, считаем, что у организации в данном случае не возникает обязанности по ведению книги продаж и по регистрации в ней фактически выставленных белорусским контрагентам счетов-фактур.

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Графкин Олег

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
кандидат экономических наук Игнатьев Дмитрий