Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
Организация признается плательщиком водного налога даже в случае фактического неиспользования водной акватории.
Организация вправе уменьшить налоговую базу по налогу на прибыль на сумму уплаченного водного налога.

Обоснование вывода:
В соответствии с положениями п. 1 ст. 333.8 НК РФ плательщиками водного налога признаются организации и физические лица, осуществляющие специальное и (или) особое водопользование в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Согласно ст. 20 Водного кодекса РФ за пользование водным объектом на основании договора взимается плата неналогового характера. В связи с этим п. 2 ст. 12 Федерального закона от 03.06.2006 N 73-ФЗ «О введении в действие Водного кодекса Российской Федерации» (далее — Закон N 73-ФЗ) статья 333.8 НК РФ была дополнена пунктом, согласно которому не признаются плательщиками водного налога организации и физические лица, осуществляющие водопользование на основании договоров водопользования или решений о предоставлении водных объектов в пользование, соответственно, заключенных и принятых после введения в действие Водного кодекса РФ.

Согласно ст. 5 Закона N 73-ФЗ действие лицензий на водопользование и договоров пользования водными объектами, выданных и заключенных до 01.01.2007, прекращается с момента возникновения права пользования водными объектами на основании договоров водопользования или решений о предоставлении водных объектов в пользование либо по истечении срока действия лицензий на водопользование и договоров пользования водными объектами, либо в случае прекращения права пользования водными объектами по основаниям и в порядке, установленным ст. 10 Водного кодекса РФ.

После 01.01.2007 водопользователи, осуществляющие использование поверхностных водных объектов на основании лицензий на водопользование и договоров пользования водными объектами, выданных и заключенных до введения в действие нового Водного кодекса РФ, уплачивают водный налог до момента истечения срока действия таких лицензий и договоров (письмо ФНС России от 23.04.2012 N ЕД-4-3/6790@, постановления ФАС Северо-Западного округа от 04.02.2010 N Ф07-13622/2009, от 28.06.2010 N А21-8850/2009).

Таким образом, в рассматриваемой ситуации организация признается плательщиком водного налога.
Статья 333.9 НК РФ определяет объекты налогообложения — виды пользования водными объектами и устанавливает закрытый перечень видов водопользования, не являющихся объектом налогообложения.
Использование акватории водных объектов, за исключением лесосплава древесины в плотах и кошелях, признается объектом налогообложения по водному налогу (пп. 2 п. 1 ст. 333.9 НК РФ).

Отметим, что налоговое законодательство не содержит положений о корректировке налоговой базы по водному налогу, даже в случае наличия в налоговом периоде времени, в течение которого данная акватория водных объектов фактически не использовалась в производственных целях организации. В данном случае вне зависимости от использования акватории водного объекта водный налог уплачивается в сумме, исчисленной исходя из площади предоставленного в пользование водного объекта и соответствующей налоговой ставки. Это мнение разделяют и арбитражные суды (смотрите, например, постановления Президиума ВАС РФ от 09.12.2008 N 10019/08, ФАС Уральского округа от 20.12.2010 N Ф09-1858/10-С3).

По вопросу о правомерности уменьшения налогооблагаемой базы по налогу на прибыль на сумму уплаченного водного налога отметим, что согласно пп. 1 п. 1 ст. 264 НК РФ суммы налогов, начисленные в установленном законодательством порядке, в целях исчисления налога на прибыль относятся к прочим расходам, связанным с производством и реализацией, и уменьшают налогооблагаемую прибыль (смотрите, например, постановления Президиума ВАС РФ от 17.01.2012 N 10077/11, ФАС Северо-Западного округа от 17.01.2008 N А26-3723/2007).

Таким образом, уменьшение налоговой базы по налогу на прибыль на сумму водного налога является правомерным.

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Медведь Светлана

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
профессиональный бухгалтер Родюшкин Сергей