Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
Вычеты сумм НДС, предъявленных контрагентом-банкротом покупателю при приобретении им имущества у должника, производятся покупателем в общем порядке, то есть на основании счета-фактуры, после принятия на учет приобретенного имущества и при наличии соответствующих первичных документов.

При этом необходимо отметить, что у конкурсного управляющего нет прямого права подписывать счет-фактуру от имени налогоплательщика-банкрота, равно как и у руководителя и главного бухгалтера организации нет на это полномочий при проведении процедуры конкурсного производства.

На данный момент вопрос о выставлении счета-фактуры налогоплательщиком, признанным банкротом, законодательно не урегулирован.

Полагаем, что покупатель, исполнивший требования законодательства о банкротстве по оплате имущества в полной сумме, включая оплату НДС, не может быть лишен права на вычет налога по формальным основаниям, если все остальные условия принятия налога к вычету выполняются, поскольку это будет необоснованно ухудшать его положение по сравнению с другими покупателями.

В то же время счет-фактура, подписанный конкурсным управляющим, может повлечь налоговые риски, связанные с отказом в вычете НДС у покупателя.

Обоснование вывода:
Реализация товаров (работ, услуг), имущественных прав на территории РФ признается объектом налогообложения по НДС (пп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ).

Согласно п. 4.1 ст. 161 НК РФ при реализации на территории РФ имущества и (или) имущественных прав должников, признанных в соответствии с законодательством РФ банкротами, налоговая база по НДС определяется налоговыми агентами как сумма дохода от реализации этого имущества с учетом НДС.

Налоговыми агентами в данном случае являются покупатели указанного имущества и (или) имущественных прав (за исключением физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями), которые обязаны расчетным методом исчислить НДС, удержать его из выплачиваемых доходов и уплатить соответствующую сумму налога в бюджет. Налоговая база определяется налоговым агентом отдельно по каждой операции по реализации указанного имущества (имущественных прав). Смотрите также письмо Минфина России от 11.02.2013 N 03-07-11/3393.

В случае реализации имущества и (или) имущественных прав банкрота исчисление НДС налоговыми агентами — покупателями этого имущества и (или) имущественных прав производится при оплате приобретаемого ими имущества, то есть либо в момент его предварительной оплаты (полной или частичной), либо в момент оплаты принятого на учет имущества банкрота. Сумма налога рассчитывается исходя из суммы оплаты указанного имущества и (или) имущественных прав и расчетной налоговой ставки, определяемой в соответствии с п. 4 ст. 164 НК РФ (смотрите также письма Минфина России от 31.10.2013 N 03-07-11/46604, от 21.08.2013 N 03-07-11/34210, от 27.05.2013 N 03-07-11/19119, ФНС России от 17.01.2013 N ЕД-3-3/96@).

Вместе с тем рекомендуем ознакомиться с письмом ФНС России от 06.02.2014 N ГД-4-3/1913@. В п. 1 Постановления Пленума ВАС РФ от 25.01.2013 N 11 указано на то, что, применяя правило п. 4.1 ст. 161 НК РФ, цена, по которой имущество должника было реализовано, подлежит перечислению полностью (без удержания НДС) покупателем имущества должнику или организатору торгов, а также организатором торгов — должнику; эта сумма распределяется по правилам статей 134 и 138 Федерального закона от 26.10.2002 N 127-ФЗ «О несостоятельности (банкротстве)» (далее — Закон N 127-ФЗ). При этом отмечается, что исходя из положений ст. 163 и п. 4 ст. 166 НК РФ, налог на добавленную стоимость в отношении операций по реализации имущества должника, признанного банкротом, исчисляется должником как налогоплательщиком по итогам налогового периода и уплачивается в сроки, установленные п. 1 ст. 174 НК РФ, с учетом того, что требование об уплате названного налога согласно абзацу пятому п. 2 ст. 134 Закона N 127-ФЗ относится к четвертой очереди текущих требований.

Пунктом 61.9 главы 12 Регламента арбитражных судов Российской Федерации, утвержденного постановлением Пленума ВАС РФ от 05.06.1996 N 7, предусмотрено, что со дня размещения Постановления Президиума ВАС РФ в полном объеме на сайте ВАС РФ практика применения законодательства, на положениях которого основано данное Постановление, для арбитражных судов считается определенной. Аналогичные правила применяются при установлении даты, когда считается определенной практика применения законодательства по вопросам, разъяснения по которым содержатся в постановлениях Пленума и информационных письмах Президиума ВАС РФ. Таким образом, постановления Пленума и Президиума ВАС РФ для налоговых органов являются сложившейся судебной практикой, которой налоговым органам следует руководствоваться при рассмотрении вопроса о целесообразности доначисления сумм НДС в рассматриваемом случае.

Аналогичный вывод содержится в письме Минфина России от 07.11.2013 N 03-01-13/01/47571, доведенном до налоговых органов письмом ФНС России от 26.11.2013 N ГД-4-3/21097@. Так, в нем указано, что в случае, когда письменные разъяснения Минфина России (рекомендации, разъяснения ФНС России) по вопросам применения законодательства РФ о налогах и сборах не согласуются с решениями, постановлениями, информационными письмами ВАС РФ, Верховного Суда РФ, налоговые органы, начиная со дня размещения в полном объеме указанных актов и писем судов на их официальных сайтах в сети «Интернет» либо со дня их официального опубликования в установленном порядке, при реализации своих полномочий руководствуются указанными актами и письмами судов.

Таким образом, при реализации имущества и (или) имущественных прав организации, признанной банкротом, исчисление и уплата в бюджет НДС производится налогоплательщиком-банкротом. При этом право на вычет у покупателя должно возникать по общим основаниям, то есть при выполнении требований п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ и в том числе при наличии счета-фактуры, оформленного в соответствии со ст. 169 НК РФ.

Счет-фактура подписывается уполномоченными лицами: руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными приказом или доверенностью (п. 6 ст. 169 НК РФ).

Однако конкурсное производство прекращает полномочия руководителя организации, а вся документация должника, в том числе бухгалтерская, а также его печати и штампы передаются конкурсному управляющему (ст. 126 Закона N 127-ФЗ).

Следовательно, у руководителя и главного бухгалтера организации нет полномочий подписывать счет-фактуру.
При этом конкурсный управляющий не является представителем должника (п. 2 ст. 182 ГК РФ). Он осуществляет полномочия руководителя должника в объеме, установленном Законом N 127-ФЗ (п. 1 ст. 129 Закона N 127-ФЗ). Отметим, что у конкурсного управляющего также нет прямого права выставлять счета-фактуры от имени должника (п.п. 2, 3 ст. 129 Закона N 127-ФЗ).

До 01.10.2011 при реализации имущества должника конкурсный управляющий мог предъявлять покупателю НДС и выставлять счет-фактуру, поскольку являлся налоговым агентом, но не в качестве и (или) от имени налогоплательщика-банкрота (п. 4 ст. 161, п.п. 1, 3 ст. 168 НК РФ, смотрите также письмо Минфина России от 11.06.2009 N 03-07-11/155). С 01.10.2011 конкурсному управляющему таких полномочий законодательством не представлено.

Таким образом, на данный момент вопрос о выставлении счета-фактуры контрагентом, признанным банкротом, законодательно не урегулирован.

При этом следует отметить, в письме Минфина России от 29.02.2012 N 03-07-09/15 содержатся разъяснения о том, что банкрот не должен выставлять счет-фактуру. Поэтому полагаем, что счет-фактура, подписанный конкурсным управляющим, может повлечь налоговые риски, связанные с отказом в вычете НДС у покупателя.

Вероятность возникновения споров с налоговыми органами по данному вопросу подтверждает и наличие судебной практики. Так, в постановлении Семнадцатого арбитражного апелляционного суда от 03.04.2014 N 17АП-2563/14 рассмотрена ситуация, где продавцом-банкротом в адрес покупателя были выставлены счета-фактуры с выделенным НДС, подписанные конкурсным управляющим. Суд отклонил довод налогового органа о том, что счета-фактуры подписаны неуполномоченным лицом, поскольку у конкурсного управляющего, подписавшего спорные счета-фактуры, отсутствуют полномочия на выставление счетов-фактур от имени должника. По мнению судей, такой довод налогового органа основан на неправильном толковании ст. 169 НК РФ и норм Закона о несостоятельности (банкротстве).

По нашему мнению, покупатель, исполнивший требования законодательства о банкротстве по оплате имущества организации, признанной банкротом, в полной сумме, включая оплату НДС, с учетом положений п. 7 ст. 3 НК РФ не может быть лишен права на вычет налога по формальным основаниям, если все остальные условия принятия налога к вычету выполняются.

Иной подход будет необоснованно ухудшать его положение по сравнению с другими покупателями.

Рекомендуем ознакомиться со следующим материалом:
— Энциклопедия решений. Определение налоговой базы по НДС при реализации имущества и (или) имущественных прав банкротов.

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Синельникова Татьяна

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Королева Елена